各种毒品直接发挥作用的部位大多集中于脑部，长期吸毒对中枢神经系统来说是一种恶性刺激，不可避免地产生直接毒性作用，导致神经细胞或组织病理性改变，其中尤其以鸦片类、苯巴比妥类毒品危害最大，毒性作用的范围既可能仅限于脑内的某个区域，也可能弥漫全脑，可以仅发生于中枢神经系统的某个环节，纵深到胸椎、颈椎区，也可能波及外围神经。常见的神经系统病理性改变包括麻痹周围神经炎、末梢神经炎、横断性脊髓炎、远离注射部位的肌功能障碍、突发性下肢瘫痪、弱视等。另一种危险是吸毒者的躯体感觉异常，痛觉消失，由此可能导致严重疾病未被及时发现而延误。
吸毒除导致神经系统以上的病理性改变外，还能引发各种精神障碍，尤其是对有先天性精神异常或人格缺陷的吸毒者，更是危险。无论是出于缓解一时的精神紧张、压抑，或是焦虑，还是为解除某种病痛而吸毒，只要形成依赖性（俗称成瘾），都会导致对人体神经系统的损害，出现了一系列症状，如惊厥、震颤、烦躁、嗜睡、萎靡不振、意志消沉、语言失常、智力退化、瞳孔改变等。如可卡因，是一种惊厥剂，单剂量易于诱发癫痫，重复使用引起癫痫慢性化。可卡因的致癫痫作用被称为“促燃作用”，停用可卡因后这种促燃作用仍可存在。此外，滥用可卡因还可以引起颅内出血、脑水肿、抽搐、持续性或机械性重复动作、共济失调和步态异常。
精神障碍的出现与毒品对神经系统的毒性作用（即破坏作用）有着必然的关系。对我们正常的不吸毒的人而言，精神障碍是一种疾病状态，而吸毒者所追求的恰恰是这种几近变态的感受。吸毒导致最突出的精神障碍之一是出现幻视、幻听和触幻觉。吸毒者为了追求在客观环境中并不存在的感官刺激，往往会做出危险的动作和意外的行为。吸毒后的另一种精神障碍是思维障碍，主要表现为妄想，其内容多为荒诞不经、离奇恐怖，并常有被迫害感及罪恶感。在这种思维的支配下，吸毒者常常会出现伤（杀）人或自杀（伤）的行为。
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