年1月,美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)发布了胎儿外显子组测序技术在产前诊断中的应用共识,为胎儿外显子组测序的应用提供了详细的阐述及指导建议[1]。
国内,年9月,广东省 医学应用学会也在全国团体标准信息平台上发布了《产前外显子组测序遗传咨询和报告规范》团体标准,促进了中国外显子组测序在产前领域的发展[2]。现针对部分年发表的关于胎儿外显子组测序的文章进行总结供大家参考,分别涉及多系统异常、骨骼系统、神经系统、心血管系统、皮肤异常、胎儿外显子组测序临床有效性等角度。
产前外显子组测序确诊一例德朗热综合征(CorneliadeLangeSyndrome,CdLS)(NIPBL基因同义突变)[3]1)发表时间/杂志:年2月,《FrontiersInGenetics》杂志(影响因子3.)。
2)文章概述:在本研究中,一例孕妇在24周产前超声检查时发现胎儿上肢骨骼发育不良及心脏畸形,并于孕(27+3)周进行引产,后孕妇寻求再发风险评估,进行CMA分析未找到明确致病突变后,对流产组织及父母进行了家系外显子组测序,最终在NIPBL基因上发现1个可疑新发同义突变,并进一步通过RT-PCR技术对该同义突变进行功能研发,发现该变异导致基因27号外显子丢失,综上分析该变异为此家系胎儿产前超声异常的原因,为后续遗传咨询再发风险评估提供了帮助。
图1.(A)RT-PCR测序显示该变异导致NIPBL基因mRNA异常。(B)对mRNA进行Sanger测序进一步确认了外显子27的缺失。
3)关键词:
?产前外显子组测序-PrenatalWhole-ExomeSequencing;
?德朗热综合征-CorneliadeLangeSyndrome;
?NIPBL基因同义突变-SynonymousVariantinNIPBL
骨骼发育不良胎儿的外显子组测序研究(诊断率75%,12/16,其中2个家系存在嵌合突变)[4]1)发表时间/杂志:年3月,《FrontiersInGenetics》杂志(影响因子3.)。
2)文章概述:在本研究中,针对16例产前超声提示骨骼发育不良胎儿进行遗传学诊断,最终在12名胎儿中发到发病原因。作者首先针对12名胎儿进行了CMA分析,在1名胎儿中发现涉及DMD基因的微缺失(外显子49到53),之后对其余15例胎儿进行外显子测序,共在6个基因(FGFR3,COL1A1,COL1A2,ALPL,HSPG2和DYNC2H1)上发现14个变异,进一步为11例胎儿找到致病原因,累计诊断率为75%(12/16),提示单基因遗传病在产前骨骼异常胎儿中十分常见。另外在本研究中还发现2个基因嵌合家系(COL1A1/2),该2个家系既往均存在因产前骨骼发育不良的引产史,其中家系8胎儿突变比例为37.8%,孕妇突变比例为32.3%(外周血,孕妇身材矮小),家系12孕妇突变比例为25.8%(外周血),未能进行详细临床检查,但身高及巩膜未出现异常。
表格1病例临床信息及分子诊断结果
3)关键词:
?产前外显子组测序-PrenatalWhole-ExomeSequencing;
?胎儿骨骼发育不良-FetalSkeletalDysplasia;
?嵌合突变-MosaicismVariant
WDR81基因复合杂合变异确诊
1例3型遗传性脑积水病例
例WDR81基因突变产前病例[5]1)发表时间/杂志:年3月,《MolecularGeneticsGenomicMedicine》杂志(影响因子1.)。
2)文章概述:在本研究中,作者对一例表现为严重脑积水、唇腭裂、肝肿大、小脑发育不良胎儿进行外显子组测序,在WDR81基因上发现复合杂合突变,为该家系找到发病原因,同时作者对既往WDR81基因突变病例进行总结回顾分析,研究了WDR81基因“表型-基因型”关系。这是 例WDR81基因突变胎儿病例报道,对于脑积水伴其它脑外异常胎儿,需注意WDR81基因和其它脑积水相关基因等单基因致病因素,而外显子组测序是研究单基因病的利器,十分有助于脑积水胎儿的明确诊断。
WDR81基因“基因型-表型”关系
3)关键词:
?产前外显子组测序-PrenatalWhole-ExomeSequencing;
?3型脑积水伴脑异常-CongenitalHydrocephalus3withBrainAnomalies;
?WDR81基因变异-WDR81Variants
3例左心发育不全胎儿
的遗传学诊断
(左心发育不全潜在新基因-WDFY3)[6]1)发表时间/杂志:年4月,《FrontiersinCardiovascularMedicine》杂志(影响因子3.)。
2)文章概述:在本研究中,作者通过外显子组测序和CNV-seq测序为三例左心发育不全伴其它不同程度心脏异常胎儿家系找到了发病原因。家系1胎儿表现为复杂心脏异常(左心发育不全、室间隔缺损、左侧上腔静脉永存)、马蹄肾、单脐动脉等,常规核型分析及CMA分析均未找到疑似突变,最终通过全外显子测序在KMT2D基因上发现1个无义突变,高度怀疑该胎儿发病原因。家系2胎儿表现为严重的心脏发育异常,同时伴有多指、先天性肺囊性腺瘤样畸形,通过CNV-seq发现1个新发kb缺失突变,涉及NOTCH1、INPP5E和SEC16A三个基因。家系3胎儿表现为左心发育不全合并室间隔缺损,通过外显子组测序发现WDFY3基因的无义突变,该基因之前报道与小头/巨头畸形有关,但该胎儿头围正常,查询相关文献与数据库(纯合缺失型小鼠会出现多种心脏问题)综合分析,认为该基因是左心发育不全的潜在致病基因。
3)关键词:
?产前基因诊断-PrenatalGeneticDiagnosis;
?左心发育不全-LeftHeartHypoplasia(LHH);
?WDFY3基因-WDFY3
1例丑角鱼鳞病
的产前诊断[5]
1)发表时间/杂志:年1月,《FrontiersinGenetics》杂志(影响因子3.)。
2)文章概述:在本研究中,作者发现1例产前超声表现为多系统畸形、皮肤角质层增厚胎儿,根据超声结果未明确诊断,后进行CMA和外显子组测序,在ABCA12基因上发现复合杂合变异,该基因与丑角鱼鳞病有关,结合超声结果最终诊断该胎儿表型与丑角鱼鳞病有关。
3)关键词:
?产前诊断-PrenatalDiagnosis;
?丑角鱼鳞病-HarlequinIchthyosis;
?ABCA12基因-ABCA12.
产前外显子组测序的
临床有效性评估[8]
1)发表时间/杂志:发表于年1月的《GeneticsinMedicine》杂志(影响因子8.)。
2)文章概述:在本研究中,作者主要